Несмотря на огромное количество полезных свойств, для зародышей пшеницы все же существуют противопоказания к применению. Пророщенную пшеницу и шрот не рекомендуется употреблять людям, страдающим воспалительными заболеваниями желудочно-кишечного тракта и почек, особенно в стадии обострения. С осторожностью к этому продукту следует отнестись людям, склонным к диарее.